厚労省のテレワーク関連補助金について今年度からは人材確保等支援助成金（テレワークコース）に変更となっています。
制度の概要や募集期間等についてはこちらを参照ください。

また、経済産業省のIT導入補助金は利用可能です。

尚東京都では今年度「テレワーク・マスター企業支援奨励金」として公開されています。