在宅勤務者の通勤手当の支給については給与規程等の記載によります。通勤手当を交通費の「実費」の趣旨として支給する旨の規定がある場合は、通勤手当の支払いを実費支給に変更も可能です。
そのような規程が無く、在宅勤務の日数によっては実費支給にする場合は就業規則に定める必要があります。
原則在宅勤務となり出勤が殆どないにもかかわらず、通勤手当を支払うことについては、税務上の問題として、税務署や税理士の方にご確認してください。
実費支給への変更の場合は社会保険の随時改定の問題があります。
なお、税金や労働保険・社会保険の扱いについては
・「在宅勤務に係る費用負担等に関するＦＡＱ（源泉所得税関係）」（令和３年１月　国税庁）
・厚生労働省「テレワーク総合ポータルサイト」のQ＆A「テレワークを導入した際の交通費や在宅勤務手当は社会保険料・労働保険料等の算定基礎に含めるべきでしょうか？」
https://telework.mhlw.go.jp/qa/qa4-1/
もご参照ください。